"Ülke bütünlüğünü korumak, millî birlik ve beraberliği sağlamak, muhtemel bir iç savaşı ve kardeş kavgasını önlemek, devlet otoritesini ve varlığını yeniden tesis etmek" gerekçesiyle yapıldığı açıklanan darbenin ardından siyasi partilerin tamamı kapatılırken Süleyman Demirel ile Bülent Ecevit Hamzakoy, Necmettin Erbakan ile Alparslan Türkeş ise Uzunada’da gözaltına alındı. Daha sonra serbest bırakılan parti liderlerine siyasi yasaklar getirdi.
Yaklaşık 3 yıl süren darbe yönetimi sırasında resmi rakamlara göre 650 bin kişi gözaltına alındı, 230 bin kişi askerî mahkemelerce yargılandı, 1 milyon 683 bin kişi ise fişlendi.
Askeri mahkemelerde açılan davalarda 7 bin kişi hakkında idam istenirken haklarında ceza verilenlerden 50’si idam edildi. Darbenin ardından ilk idamlar 9 Ekim 1980’de gerçekleştirildi. Sol görüşlü Necdet Adalı ve ülkücü Mustafa Pehlivanoğlu idam edildi.
Darbe öncesinde bir askeri inzibat erini öldürdüğü iddiasıyla hüküm giyen Erdal Eren de 19 Mart 1980’de hakkında verilen idam hükmü Yargıtay tarafından 2 kez iptal edilmesine rağmen, Kenan Evren'in 12 Aralık'ta kararı onamasının ardından 13 Aralık 1980 günü Ulucanlar Cezaevi'nde idam edildi. Evren, Erdal Eren'in idamının ardından "Asmayalım da besleyelim mi" ifadelerini kullanmıştı.
Uygulamada olan 1961 Anayasası da yürürlükten kaldırılırken darbe yönetimi sırasında hazırlanan yeni Anayasa, 7 Kasım 1982 günü düzenlenen referandumda yüzde 91,37 oy oranı ile kabul edildi. Aynı referandumda Kenan Evren'in cumhurbaşkanlığı da kabul edildi.
14 bin kişi Türkiye Cumhuriyeti vatandaşlığından çıkarılırken cezaevlerinde yaşanan işkencelerde 171 kişi öldü. En yoğun işkencelerin uygulandığı cezaevlerinden birisi 34 tutuklunun öldürüldüğü Diyarbakır Cezaevi oldu.
Milli Güvenlik Konseyi yönetimi, 6 Kasım 1983'te düzenlenen genel seçimleri 24 Ocak kararları olarak bilinen ekonomik kararların hazırlayıcılarından birisi olan Turgut Özal'ın başında olduğu Anavatan Partisi kazanmasıyla sona erdi.
Milli Güvenlik Konseyi üyelerinin yargılanmasının önünü kapatan maddenin 12 Eylül 2010 günü referandumla Anayasa’dan çıkarılmasının ardından ise Evren ile Şahinkaya hakkında Ankara Cumhuriyet Başsavcılığınca soruşturma açıldı.
Ankara 12. Ağır Ceza Mahkemesince 10 Ocak 2012’de kabul edilen davada Evren ve Şahinkaya, “Türkiye Cumhuriyeti Anayasası’nın tamamını veya bir kısmını değiştirmeye veya ortadan kaldırmaya ve anayasa ile teşekkül etmiş olan Türkiye Büyük Millet Meclisini ortadan kaldırmaya veya görevini yapmasına engel olmaya cebren teşebbüs etmek” ile suçlandı.
Mahkeme, 18 Haziran 2014’te Evren ve Şahinkaya’ya müebbet hapis cezası verdi. Dosya Yargıtay’dayken Evren 10 Mayıs 2015’te 98 yaşında, Şahinkaya ise 9 Temmuz 2015’te 90 yaşında öldü.